Falls es Jemanden interessiert:
Ich habe heraus gefunden, dass auch bei Externen Festplatten das Aligment der neuen Festplatten genauso kaputt geht, was zu erwarten war.
Jedoch funktioniert das WD Align Tool für Externe Festplatten nicht und sollte man auch nicht benutzten !! (http://wdc.custhelp.com/cgi-bin/wdc.cfg ... faqid=3876)
Wie dort beschrieben sollte man den WD QucikFormatter nehmen und dieser funktioniert ohne Probleme. Nun haben alle Advaned Format Festplatten bei mir das optimale Alignment.